Błędy w zgłoszeniu rejestracyjnym VAT-R oraz w formularzu NIP

Prowadzę działalność gospodarczą w ramach Przedsiębiorstwa Produkcyjno-Usługowego Nowpol s.c. Przedmiotem mojej działalności jest produkcja i naprawa mebli. Działalność tę prowadzę na podstawie umowy spółki od 1 marca 1997 r., tj. od momentu dokonania wpisu do ewidencji działalności gospodarczej. Organy podatkowe kwestionują jednak fakt, że działalność od samego początku była prowadzona w formie spółki, gdyż pod numerem wpisu do ewidencji działalności gospodarczej figurowało tylko moje imię i nazwisko, bez oznaczenia „s.c”. Zarzucono mi, że w pozycji formularza NIP dotyczącej numeru ewidencji działalności gospodarczej został podany numer wpisu, pod którym była zarejestrowana działalność gospodarcza prowadzona przez osobę fizyczną, a nie przez spółkę cywilną. Chciałbym jednak zauważyć, że zgodnie z art. 860 § 2 kodeksu cywilnego umowa spółki cywilnej powinna być stwierdzona w formie pisemnej. Brak tej formy nie oznacza jednak, że umowa spółki zawarta ustnie jest nieważna. Forma pisemna nie jest w tym przypadku zastrzeżona pod rygorem nieważności, a zatem organy podatkowe nie mogą twierdzić, że umowa spółki nie została zawarta. Urząd skarbowy nie poinformował mnie o stosowanych procedurach i pominął jako dowód kopię wypisu z ewidencji działalności gospodarczej, którą dołączyłem do zgłoszenia identyfikacyjnego. Nie zakwestionował również złożonych 20 kwietnia 1997 r. zgłoszeń VAT-R oraz NIP-2, w których wskazałem wyraźnie jako oznaczenie podmiotu „Przedsiębiorstwo Produkcyjno-Usługowe Nowpol „s.c.”, a jako formę prawnoorganizacyjną zaznaczyłem spółkę cywilną. Aby uniknąć dalszych problemów, postanowiłem wyraźnie uregulować sytuację prawną przedsiębiorstwa i w 1999 r. zmieniłem dotychczasowy wpis w ewidencji działalności gospodarczej na nowy, pod którym figurują imiona i nazwiska moje i wspólnika, z oznaczeniem, że jesteśmy wspólnikami spółki cywilnej. W związku z tym 11 maja 1999 r. została wydana decyzja o wykreśleniu dotychczasowego wpisu z 1 marca 1997 r. Mimo dokonania stosownej zmiany, potwierdzającej okoliczność, że prowadzę działalność w formie spółki cywilnej, poniosłem negatywne konsekwencje podatkowe, m.in. w bieżącym roku został unieważniony numer identyfikacyjny przyznany decyzją z 15 maja 1997 r. na podstawie złożonego przeze mnie 20 kwietnia 1997 r. zgłoszenia identyfikacyjnego NIP-2. Czy działania organów podatkowych były prawidłowe?